构建水质目标管理技术体系的核心是划分全国流域水生态功能区、制定相应水环境基准。对全国流域水生态进行区划，并在此基础上制定与功能区保护相适应，与保持流域的生物多样性和生物完整性相一致的环境基准，并进一步制定科学的环境质量标准。“十一五”期间，水专项通过基准的建立实现了标准的科学性、可操作性和针对性，完成了辽河、松花江、滇池等10个重点流域的水生态功能分区，提出了12项污染物的环境基准值的建议值。在此基础上，建立以基准为科学技术支撑的环境质量标准，实现由目标总量控制到容量总量控制。

构建中国水污染管理的新模式——从被动应对到预警式管理。环境保护部吸取2005年松花江污染事件的教训，构建中国水污染管理的新思想—风险管理。实践证明，被动式管理下，无法识别风险究竟在哪里，防不胜防。只有将管理思想转变为主动式管理，组织开展一些重大的科学技术研究，进行全国性的普查，识别清楚危险污染源，同时把握好可能会产生环境污染的重点企业在全国布局风险的级别，才能构建严格的污染防范措施，做到未雨绸缪。对于累积性风险，要有预见性，提前发现，提前预警可能酿成重大环境事故的影响因素，化解环境污染的矛盾和风险。要科学地揭示问题的根源和发生的过程，更好地把科学技术创新与环境管理和污染治理结合在一起。积极推进创新，大力发展污染控制工程技术。

水专项超额完成“十一五”任务要求，“十二五”将大幅提高水污染治理效率。水专项自2007年启动实施以来，取得了一系列的阶段性成果，重点突破了工业污染源控制与治理、农业面源污染控制与治理、城市污水处理与资源化、水体水质净化与生态修复、饮用水安全保障以及水环境监控预警与管理等水污染控制与治理等关键技术和共性技术，为国家“十一五”期间“控源减排”目标的实现提供了科技支撑，超额完成了”十一五”国务院批准实施方案里面提出的任务要求。 作为“十二五”期间提升环境科技基础研究和应用能力的国家科技重大专项，水专项将进一步深化已有成果，在工程化、规模化方面紧密结合国家“十二五”重点流域污染防治规划和地方政府治污规划的组织实施，结合科技创新最新成果，大幅度提高治理效率。