嫩江和松花江干流以Ⅳ类水质为主。主要污染指标是石油类、氨氮和高锰酸盐指数。

淮河水系 86个国控监测断面中，Ⅱ～Ⅲ类水质断面占18.6%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占41.9%，劣Ⅴ类水质断面占39.5%。

淮河干流14个断面中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类水质比例分别为14.3%、21.4%、57.1%和7.1%。56.8%的省界河段水质为劣Ⅴ类。

主要污染指标为氨氮、石油类和生化需氧量。

海河水系 65个国控监测断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质的断面占21.5%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占24.6%，53.9%的断面为劣Ⅴ类水质。海河水系污染仍严重，但与去年相比水质有所改善。

海河主要污染指标为氨氮、生化需氧量和石油类。

辽河水系 37个国控监测断面中，满足Ⅲ类水质要求的断面占29.7%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占29.7%，劣Ⅴ类水质断面为40.6%。辽河水系总体水质属中重污染。

主要污染指标为生化需氧量、石油类和挥发酚。

浙闽片河流 18条河流的30个断面中，Ⅱ类水质的断面占33.3%，Ⅲ类水质断面占30.0%，Ⅳ类水质断面占36.7%。主要污染指标是挥发酚、石油类和氨氮。

西南诸河 总体水质属较度污染。10条河流的17个断面中，Ⅰ、Ⅱ类水质的断面占58.8%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占29.4%，劣Ⅴ类水占11.8%。红河河口县河段的2个断面水质污染严重，主要污染指标是铅和高锰酸盐指数。

内陆河流 总体水质良好。7条河流的19个断面中，满足Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类水质的断面分别占21.1%、42.1%、21.0%和15.8%。主要污染指标是石油类。

三峡库区水质 三峡库区6个断面中，1个断面为Ⅲ类，其余5个断面均为Ⅱ类水质。

南水北调工程（东线）沿线水质 监测12个断面，Ⅱ类水质断面1个，占8.3%；Ⅳ类水质断面3个，占25.0%；Ⅴ类水质断面有2个，占16.7%；劣Ⅴ类水质断面有6个，占50.0%。主要污染指标是氨氮、生化需氧量和高锰酸盐指数。

湖泊水库

2003年度监测的28个重点湖库中，满足Ⅱ类水质的湖库有1个，占3.6%；Ⅲ类水质湖库有6个，占21.4%；Ⅳ类水质湖库有7个，占25.0%；Ⅴ类水质湖库有4个，占14.3%；劣Ⅴ类水质湖库有10个，占35.7%。

太湖 太湖湖体污染较重，监测的21个点位中，无Ⅰ～Ⅲ类水体，属Ⅳ类、Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的点位比例分别为14.3%、14.3%和71.4%。但比上年相比，太湖湖体水质有明显改善。主要污染指标为总氮和总磷。湖体营养状态指数为57.8，仍处于轻度富营养化状态。