嫩江和鬆花江幹流以Ⅳ類水質為主。主要汙染指標是石油類、氨氮和高錳酸鹽指數。

淮河水係 86個國控監測斷麵中，Ⅱ～Ⅲ類水質斷麵占18.6%，Ⅳ、Ⅴ類水質斷麵占41.9%，劣Ⅴ類水質斷麵占39.5%。

淮河幹流14個斷麵中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ類水質比例分別為14.3%、21.4%、57.1%和7.1%。56.8%的省界河段水質為劣Ⅴ類。

主要汙染指標為氨氮、石油類和生化需氧量。

海河水係 65個國控監測斷麵中，Ⅰ～Ⅲ類水質的斷麵占21.5%，Ⅳ、Ⅴ類水質的斷麵占24.6%，53.9%的斷麵為劣Ⅴ類水質。海河水係汙染仍嚴重，但與去年相比水質有所改善。

海河主要汙染指標為氨氮、生化需氧量和石油類。

遼河水係 37個國控監測斷麵中，滿足Ⅲ類水質要求的斷麵占29.7%，Ⅳ、Ⅴ類水質的斷麵占29.7%，劣Ⅴ類水質斷麵為40.6%。遼河水係總體水質屬中重汙染。

主要汙染指標為生化需氧量、石油類和揮發酚。

浙閩片河流 18條河流的30個斷麵中，Ⅱ類水質的斷麵占33.3%，Ⅲ類水質斷麵占30.0%，Ⅳ類水質斷麵占36.7%。主要汙染指標是揮發酚、石油類和氨氮。

西南諸河 總體水質屬較度汙染。10條河流的17個斷麵中，Ⅰ、Ⅱ類水質的斷麵占58.8%，Ⅳ、Ⅴ類水質斷麵占29.4%，劣Ⅴ類水占11.8%。紅河河口縣河段的2個斷麵水質汙染嚴重，主要汙染指標是鉛和高錳酸鹽指數。

內陸河流 總體水質良好。7條河流的19個斷麵中，滿足Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ類水質的斷麵分別占21.1%、42.1%、21.0%和15.8%。主要汙染指標是石油類。

三峽庫區水質 三峽庫區6個斷麵中，1個斷麵為Ⅲ類，其餘5個斷麵均為Ⅱ類水質。

南水北調工程（東線）沿線水質 監測12個斷麵，Ⅱ類水質斷麵1個，占8.3%；Ⅳ類水質斷麵3個，占25.0%；Ⅴ類水質斷麵有2個，占16.7%；劣Ⅴ類水質斷麵有6個，占50.0%。主要汙染指標是氨氮、生化需氧量和高錳酸鹽指數。

湖泊水庫

2003年度監測的28個重點湖庫中，滿足Ⅱ類水質的湖庫有1個，占3.6%；Ⅲ類水質湖庫有6個，占21.4%；Ⅳ類水質湖庫有7個，占25.0%；Ⅴ類水質湖庫有4個，占14.3%；劣Ⅴ類水質湖庫有10個，占35.7%。

太湖 太湖湖體汙染較重，監測的21個點位中，無Ⅰ～Ⅲ類水體，屬Ⅳ類、Ⅴ類和劣Ⅴ類水質的點位比例分別為14.3%、14.3%和71.4%。但比上年相比，太湖湖體水質有明顯改善。主要汙染指標為總氮和總磷。湖體營養狀態指數為57.8，仍處於輕度富營養化狀態。